Ekonomi Bölümü bünyesinde gerek Boğaziçi Üniversitesi mensubu gerek dışarıdan akademisyen ve araştırmacıları bir araya getiren iki araştırma merkezini vardır: İktisadi Tasarım Merkezi ve Ekonomi ve Ekonometri Merkezi. Ayrıca Ekonomi Bölümü, Avrupa Çalışmaları Merkezi'nin kurucuları ve hamileri arasındadır.

İktisadi Tasarım Merkezi (İTM), iktisat teorisi ile ilgili konularda Boğaziçi Üniversitesi ve genel olarak Türkiye'de yürütülmekte olan çeşitli araştırma faaliyetlerini bir arada yürütmeye zemin oluşturmak amacıyla 1994 yılında kurulmuştur. İTM'nin temel amacı, normatif ve pozitif iktisat teorileri ile oyun teorisinin birlikte geliştirip oluşturdukları geniş bilgi birikimini çok çeşitli hukuki ve iktisadi yapıların ve araçların tasarlanması ve uygulanmasında kullanan iktisadi tasarım alanında önde gelen bir mükemmelliyet merkezi olmaktır. Sözü edilen hukuki ve iktisadi yapı ve araçlar arasında, anayasa ve benzeri mülkiyet hakkı tahsisatı rejimleri, oy verme ve benzeri diğer toplu tercih belirleme yöntemleri, iktisadi kaynakların tahsisatına ve düzenlenmesine yönelik mekanizmalar, vergi ve diğer teşvik sistemleri, kontrat düzenlemeleri, üyelik ve diğer mülkiyet hak düzenlemeleri de dahil olmak üzere her türlü ortaklık oluşuımları, piyasa ve müzayede tasarımları ile enformasyon sistemi tasarımları yer almaktadır. İTM, temel amacına yönelik olarak iktisadi tasarım alanında yapılan teorik ve uygulamalı çalışmaları desteklemekte; bu alanda ortak projeler yürütmek ve yüksek lisans eiğitimini desteklemek üzere yerel, Avrupa ve diğer uluslararası eğitim ve araştırma kuruluşları ile bağlantı kurmakta ve işbirliği yapmakta; çeşitli yayınlar aracılığıyla iktisadi tasarım alanıyla yapılan çalışmaları teşvik etmekte ve yayılmasına katkıda bulunmakta; çalıştaylar, seminerler ve konferanslar düzenlemekte ve üyeleri aracılığıyla bu tür konferanslara katılmaktadır. İTM, Güney Avrupa İktisat Teoricileri Cemiyeti ASSET'in kurumsal üyesidir.

Ekonomi ve Ekonometri Merkezi (EEM) uygulamalı ekonomi konularında analitik ve kantitatif metotlara hakim iktisatçıların ekonomi politikaları geliştirmeye yönelik çalışmalar yapmasına ortam sağlamak amacıyla 1994 yılında kurulmuştur. Bünyesindeki araştırmacılar büyük veri setlerini ve anketleri içeren ampirik çalışmalarda deneyimlidir. Uluslararası ekonomi ve finans, makroekonomi (makroekonometri, stabilizasyon politikaları), bankacılık, emek piyasası ve büyüme (istihdam, iç ve dış göç), dış ticaret ve uygulamalı sanayi organizasyonu (mikroekonometri, panel veri teknikleri, AB'nin Türkiye ekonomisine etkileri) EEM'nin uzmanlık alanları arasındadır.

Avrupa Çalışmaları Merkezi (AÇM) 1991 yılında Türk-Avrupa kültürel ilişkilerini ön plana çıkaran disiplinlerarası araştırmalar yapılması amacıyla kurulmuştur. 2000 yılında, Boğaziçi Üniversitesi Merkez'in çalışma alanının en geniş şekilde tüm sosyal bilimleri kapsamasına karar vermiştir. AÇM, çok yönlü Avrupa entegrasyon sürecinin, Türkiye ve diğer aday ülkelerin AB'ye katılımı odaklı akademik ve entelektüel forumu olmayı hedefler. Bu amaçla akademisyenler, özel sektör, devlet ve sivil toplum örgütlerini kapsayan ve araştırmalarla desteklenen bir tartışma ortamı yaratmaya çalışır.